RNA编辑作为一种重要的转录后调控方式,通过特定核苷酸插入/缺失或碱基替换改变RNA转录本序列,导致表观转录组非短暂性的改变,已被证明与人类疾病息息相关。目前,血细胞及其恶变过程中的RNA编辑信息仍有待完善。
中国医学科学院基础医学研究所马艳妮课题组、余佳课题组联合血液学研究所程涛课题组构建了一个与造血发生和血液疾病相关联的RNA编辑组学数据库—REDH(RNA editome in hematopoietic stem cell differentiation and hematopoietic malignancy, http://www.redhdatabase.com/)。该数据库对造血分化不同群体及血液恶性肿瘤中的RNA编辑组学信息进行了全面的审编、整合及标准化,有助于理解RNA编辑在造血分化及血液肿瘤中的潜在功能和机制。该项研究成果以“REDH: a database of RNA Editome in Hematopoietic differentiation and malignancy”为题在Chinese Medical Journal《中华医学杂志(英文版)》在线发表。
此外,REDH还设立了Knowledge模块,对近30篇RNA编辑事件功能研究的报道进行了检索和汇总,整合了与造血分化相关的8个实验验证的RNA编辑事件和12种造血系统恶性肿瘤中的26种异常RNA编辑事件。
REDH具备友好的查询、浏览与可视化功能,用户可通过基因编号/符号、功能、疾病名称等检索RNA编辑信息,浏览指定RNA编辑事件的注释信息,并可以下载所需要的注释信息与分析结果。总之,REDH是研究和学习血细胞分化、恶变中RNA编辑过程的重要资源,对血液病研究界具有广泛的用途。
值得一提的是,REDH于2023年6月30日在线发表,数据库发布后受到了广泛关注,“Altmetrics关注度评分”达到49分。在Altmetrics统计的24,285,692项研究中获得top 5%的关注度排名。在Chinese Medical Journal同期发表的多篇文章中排名第一。
此项研究得到了国家重点研发计划(2019YFA0802603, 2019YFA0801800,
2019YFA0111700, 2021YFA0805703, 2022YFA1106300)、国家自然科学基金(92268205,82122005, 81970154, 81970101, 82270192)、中国医学科学院医学与健康科技创新工程(2021-I2M-1-019)与海河实验室创新基金(22HHXBSS00027)等基金的资助。助理研究员徐嘉悦博士、博士后何家驩、博士生杨嘉宾为该论文第一作者,马艳妮研究员、王小爽副研究员和余佳研究员为该论文共同通讯作者。